天平年間（740年代）に、聖武天皇の勅願によって建立された越後国分寺の所在地は現在わかっておりません。永禄５年（1562）近隣の春日山城主上杉謙信によって、現在の場所（新潟県上越市五智）に再建されました。その後幾度となく災興を繰り返し江戸時代には元禄２年、寛政６年と火災に遭い、現在の本堂は昭和63年焼失後の平成９年に再建されたものです。 再建された本堂は、鎌倉時代のものをモデルとして青森ひば材を使い外見は簡素で、内部は重厚な造りで槍かんなで仕上げてあります。
