長島山と号す。浄土真宗本願寺派。願證寺は戦国時代、長島一向一揆の舞台となった寺として悲惨な歴史を今に伝えている。願證寺は文久元年（1264）に杉江に法泉寺が作られ、本願寺３世覚如の頃に願證寺の寺号を与えられたことに始まるといわれる。この願證寺が勢力を拡大して行ったのは、明応８年（1497）に蓮如の第13子蓮淳が寺主として迎えられてからである。
蓮淳は一向宗（浄土真宗）の教勢を拡大させるために東海地方の巡業を行った際、交通の要所でもあり、天然の要衝でもある長島に目を付け、ここに一向宗の一大拠点を作り上げた。
しかし織田信長によって一向一揆は殲滅され、願證寺の跡は今は長良川の河川敷となっている。
現在の願證寺は江戸時代初期に門徒のために祐泉寺として開山され、明治に入り寺縁を継いで願證寺の名称で呼ばれるようになった。現本堂は天保15年（1844）建立。
境内に昭和49年（1974）一向一揆400年供養祭に建立された「長島一向一揆殉教の碑」が建つ。
当寺出身の菫月一露（きんげついちろ、明治40年＝1907没）は与謝野鉄幹に師事、19歳で詩歌集「鬼百合」を出版し明治の鬼才と期待されたが病に冒され20歳９ヶ月で夭折した。
