隠し要素一覧
| 隠し要素 | 出し方 | 備考 |
| キャラクター | ||
| 左近 | 任務を5個クリア | 第一奥義｢双魔連激弾｣ 第二奥義｢口寄せ・羅生門｣ |
| 多由也 | 任務を10個クリア | 第一奥義｢魔境の乱｣ 第二奥義｢魔笛・夢幻音鎖｣ |
| イルカ | 任務を15個クリア | 第一奥義｢空雷弾｣ 第二奥義｢空雷撃｣ |
| ミズキ | 任務を20個クリア | 第一奥義｢空旋弾｣ 第二奥義｢空旋撃｣ |
| 赤丸 | 任務を25個クリア | 奥義｢兵糧丸｣ |
| 君麻呂 | 任務を30個クリア | 第一奥義｢鉄線花の舞・蔓〜花｣ 第二奥義｢早蕨の舞｣ |
| カラス | 任務を35個クリア | 奥義｢カラクリ散弾破｣ |
| 白 | 任務を40個クリア | 第一奥義｢秘術・魔鏡氷晶｣ 第二奥義｢秘術・千殺水翔｣ |
| 再不斬 | 任務を45個クリア | 第一奥義｢無音殺人術｣ 第二奥義｢地獄独楽｣ |
| アンコ | 任務を50個クリア | 第一奥義｢蛇乱撃｣ 第二奥義｢木ノ葉甘乱車｣ |
| イタチ | 任務を55個クリア | 第一奥義｢月読｣ 第二奥義｢分身大爆破｣ |
| 大蛇丸 | 任務を65個クリア | 第一奥義｢五行封印｣ 第二奥義｢草薙の剣｣ |
| 綱手 | 任務を75個クリア | 第一奥義｢伝説のカカト落とし｣ 第二奥義｢忍法・創造再生｣ |
| 三代目火影 | 任務を85個クリア | 第一奥義｢猿魔口寄せ〜金剛猿舞｣ 第二奥義｢火遁・火龍炎弾｣ |
| 鬼鮫 | ランクSの｢最強のライバル／ガイ｣で 途中で乱入してくる鬼鮫に勝利して そのままクリアする |
第一奥義｢鮫肌乱舞｣ 第二奥義｢水遁・水鮫弾の術｣ |
| カブト | ランクSの｢最強のライバル／綱手｣で 途中で乱入してくるカブトに勝利して そのままクリアする |
第一奥義｢医療忍術・チャクラのメス｣ 第二奥義｢涅槃精舎の術｣ |
| 覚醒ヒナタ | 任務を100個クリア | 第一奥義｢柔拳法・八卦六四掌｣ 第二奥義｢柔拳法・八卦合気掌｣ |
| サスケ状態２ | 任務を120個クリア | 第一奥義｢千鳥｣ 第二奥義｢火遁・豪火球の術｣ |
| 究極九尾ナルト | ランクSの｢最強のライバル／サスケ状態2｣で 途中で乱入してくる究極九尾ナルトに勝利して そのままクリアする |
第一奥義｢螺旋丸｣ 第二奥義｢九尾の波動｣ |
| ステージ | ||
| 木ノ葉の湯 | 任務を3個クリア | 激忍3のステージ |
| 砂隠れの里 | 任務を6個クリア | 激忍3のステージ |
| 木ノ葉神社 | 任務を9個クリア | 新ステージ |
| 蝦蟇の間・壱 | 任務を12個クリア | 激忍1のステージ |
| アカデミー屋上・晴 | 任務を15個クリア | 激忍1のステージ |
| ラーメン一楽・夕 | 任務を18個クリア | 激忍2のステージ |
| ナルト大橋・晴 | 任務を21個クリア | 激忍1のステージ |
| 木ノ葉の里門・夜 | 任務を24個クリア | 激忍2のステージ |
| 樹界降誕 | 任務を27個クリア | 激忍3のステージ |
| うちはの門 | 任務を30個クリア | 新ステージ |
| アカデミー校庭・夕 | 任務を33個クリア | 激忍1のステージ |
| 死の森・夜 | 任務を36個クリア | 激忍1のステージ |
| 蝦蟇の間・弐 | 任務を39個クリア | 激忍2のステージ |
| 中忍試験予選会場 | 任務を42個クリア | 激忍2のステージ |
| アカデミー屋上・雨 | 任務を45個クリア | 激忍2のステージ |
| 短冊城 | 任務を48個クリア | 激忍3のステージ |
| 大蛇丸のアジト | 任務を51個クリア | 新ステージ |
| ラーメン一楽・夜 | 任務を54個クリア | 激忍1のステージ |
| 木ノ葉の里門・昼 | 任務を57個クリア | 激忍1のステージ |
| アカデミー校庭・昼 | 任務を60個クリア | 激忍2のステージ |
| 中忍試験本戦会場・弐 | 任務を63個クリア | 激忍2のステージ |
| 死の森・朝 | 任務を66個クリア | 激忍2のステージ |
| 九尾の間 | 任務を69個クリア | 激忍3のステージ |
| 草原 | 任務を72個クリア | 新ステージ |
| おまけ | ||
| 忍者ファイル | 各キャラでスコアアタックをクリア | 各キャラクターのプロフィール |
| ボイステスト | 各キャラでタイムアタックをクリア | 同時にサウンドテストが出現 |
| 忍識札 | 任務を64個クリア | プレイヤーの記録 |
| BGMプレイヤー | ステージを全部出現させる | ゲーム中のBGMが聞ける |
| SEプレイヤー | ステージを全部出現させる | ゲーム中の効果音が聞ける |
| ギャラリー | 全キャラ出現後、ストーリーをクリア | ストーリーのグラフィックを閲覧できる |
| ストーリー | ||
| 中忍試験編 | 初めてストーリーモードをクリア | オリジナル |
| 砂隠れ編 | 初めてストーリーモードをクリア | オリジナル |
| 暁編 | 砂隠れ編をクリア | オリジナル |
| サスケ奪回編 | 暁編をクリア | オリジナル |
| モード、その他 | ||
| ハンデセレクト | 任務を20個クリア | ハンデ一式 |
| 背景変化 | 任務を60個クリア | メインメニューの背景が｢如月(2月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を90個クリア | メインメニューの背景が｢弥生(3月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を120個クリア | メインメニューの背景が｢卯月(4月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を150個クリア | メインメニューの背景が｢皐月(5月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を180個クリア | メインメニューの背景が｢水無月(6月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を210個クリア | メインメニューの背景が｢文月(7月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を240個クリア | メインメニューの背景が｢葉月(8月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を270個クリア | メインメニューの背景が｢長月(9月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を300個クリア | メインメニューの背景が｢神無月(10月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を330個クリア | メインメニューの背景が｢霜月(11月)｣に変化 |
| 背景変化 | 任務を全360個クリア | メインメニューの背景が｢師走(12月)｣に変化 |
| 2人でサバイバル | 任務を64個クリア | バトルモードに｢2人でサバイバル｣が追加 |
| ウォッチモード | プレイ時間が10時間突破 | メインメニューに｢ウォッチモード｣が追加 |
| 組み手 | サバイバルを20回する(負けて終わること) | シングルプレイに｢組み手｣が追加 |
| 攻撃力最大 | ランクSの｢奥義KO｣をクリア | 攻撃力４が選択可能 |
| 難易度４ | ランクSの｢組み手｣をクリア | 難易度４が選択可能 |
| 壁紙変更 | 任務を全360個クリア | メインメニューの壁紙が変更できる |