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攻略チャート
ゲーム開始直後
ゲームスタート（ミシロタウン）
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101番道路でオダマキ博士を助ける
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ミシロタウンで博士からポケモンをもらう
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コトキタウン
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103番道路でハルカ(ユウキ)とバトル
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ミシロタウンでポケモン図鑑とモンスターボールをもらう
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102番道路
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トウカシティでミツルの手伝いをする
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104番道路前半
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トウカの森
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104番道路後半
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カナズミシティでジム戦
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バッジ１つ入手後
カナズミのジム戦後、イベント
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116番道路
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カナシダトンネルでピーコを救出
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デボンコーポレーションで手紙とポケナビ入手
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104番道路の船着場からムロタウンへ
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ムロタウンでジム戦
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バッジ２つ入手後
石の洞窟の山男から「秘伝５」入手
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石の洞窟の奥にいるダイゴに手紙を渡す
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↓・寄り道 カナズミシティに戻り「がくしゅうそうち」入手
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ムロタウンの船着場から109番水道（海水浴場）へ
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カイナシティの造船所へ
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海の科学博物館でイベント
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110番道路でハルカ(ユウキ)と対決
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キンセツシティでジム戦
自転車と「秘伝03 いわくだき」入手
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バッジ３つ入手後
117番道路
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シダケタウン到着
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カナシダトンネルの岩を壊す「秘伝04 かいりき」入手
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111番道路前半（カチヌキファミリー、トレ−ナーヒル）
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112番道路→ほのおのぬけみち
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111番道路後半で「技43 ひみつのちから」入手
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113番道路（ガラス細工職人の家）
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ハジツゲタウン
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114番道路（マユミの家）
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流星の滝でイベント
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115番道路、カナズミ、カナシダトンネル、キンセツ経由でえんとつやまへ
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えんとつやま山頂でマグマ団と対決
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デコボコ山道へ
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フエンタウンでジム戦、ゴーゴーゴーグル入手
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バッジ４つ入手後
↓・寄り道 111番道路砂漠地帯で道具と化石を回収
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トウカシティでジム戦、「秘伝04 なみのり」入手
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バッジ５つ入手後
↓・寄り道 105番水道〜109番水道のアイテムを回収↓
キンセツのイベントをクリアし、東の川を越え、118番道路東へ
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118番道路の川を渡り「いいつりざお」入手
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119番道路
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天気研究所でアクア団（マグマ団）とバトル
「ポワルン」を入手
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119番道路の途中でユウキ(ハルカ)とバトル 「秘伝２」を入手
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ヒワマキシティで休憩、情報収集
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120番道路でダイゴからデボンスコープ入手
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見えないポケモンをどかせて、ヒワマキシティジム戦へ
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バッジ６つ入手後
120番道路を進み、121番道路へ
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121番道路でイベント
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ミナモシティでユウキ(ハルカ)とバトル、コンテスト受付でポロックケースをもらい
デパートでアイテム補充と情報収集
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121番道路→122番水道にあるおくりびやまへ
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デコボコさんどうにあるマグマ団のアジトに侵入
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カイナシティの船乗り場の前にいるクスノキ館長に話しかける
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ミナモシティにあるアクア団のアジトに侵入
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124番水道を通り、トクサネシティへ
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トクサネシティでジム戦勝利、宇宙センターのイベントをクリア
ダイゴから秘伝マシン8「ダイビング」をもらう
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バッジ７つ入手後
↓・寄り道 125〜127番水道や「あさせのほらあな」でアイテム回収
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128番水道でダイビングし、潜水艇があるところで
浮上（海底洞窟へ）
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海底洞窟最深部でアオギリとバトル
直後にカイオーガが目覚め、異常気象に。
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ルネシティのミクリに会い、話を聞く
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そらのはしらのレックウザに会う
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グラードン、カイオーガがいなくなり、天気は元に戻る
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ルネのジムリーダー「アダン」とバトル レインバッジ入手。
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バッジ８つ入手後
サイユウシティの前にある滝を「たきのぼり」で登る
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チャンピオンロードを進み、橋を渡りきったところにいるミツルとバトル
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ポケモンリーグ会場でバトルの準備。
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四天王とバトル
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チャンピオンとバトル
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エンディング
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殿堂入り後
ゲーム再開時、ミシロタウンから開始。
お母さんの質問で「あお」を選ぶとラティオスが、「あか」を選ぶと「ラティアス」がホウエンの草むらと水上に出現するようになります。(選択肢は強制で、一度選ぶと変更不可)
家の外へ出るとオダマキ博士との会話後、研究所へ移動。 ポケモン図鑑を全国図鑑にバージョンアップしてもらえます。
研究所を出て、少し歩くとエニシダから カイナ、ミナモから船に乗ってほしいとの連絡が入り、船に乗ると「バトルフロンティア」に行くことができます。
111番道路の砂漠地帯に「さばくのちかどう」が出現し、げんえいのとうで取らなかった方の化石を入手することができます。
カイオーガまたはグラードン(出現しない方)、レックウザを捕獲できるようになります。詳細は「伝説ポケモン捕獲方法」を参照。
トクサネシティのダイゴの家でダンバルを入手できます。
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